在這個科學已死的異世界里,透過魔法發展出了名為「魔學」的科技──至於被命名為『福音』、宛如咒語般的技術,則是成為了社會發展的根基。
因為經歷了某事件而排斥魔學的普通高中生•相庭元,碰巧遇見了文部魔學省的精英魔學使•御崎美羽,並且得知這個世界正出現了會讓人無法正常使用「魔學」的特殊現象『福音矛盾』。相傳信奉著於400年前消失的科學──「科法」的『科法使』,就是引起『福音矛盾』的始作俑者。而且對方似乎原本是這個世上唯一能夠正確使用魔學的人物……?
劍姬與槍姬交織而成的刀光劍影,就此上演一出新世代魔法科學大戰的動作戀愛喜劇!